Aunque estos usos requirieron sucesivas adaptaciones, se ha conservado la estructura del antiguo palacio renacentista, que indica claramente una profunda renovación decimonónica, con dependencias organizadas en torno a patios irregulares.

El palacio y la iglesia estuvieron originalmente separados por un callejón hasta 1877, cuando fueron unidos por los muros que descienden hoy por San Bartolomé.

La iglesia siguió sufriendo cambios a lo largo del tiempo, siempre debido a su mal estado de conservación, que probablemente fue el proyecto más grande jamás realizado después del derrumbe de la nave en 1870 y tuvo que ser completamente rehecho.

Después de la restauración en 1957, ha sido una casa del clero y ahora es un seminario mayor. En 1998 la iglesia fue declarada Bien de Interés Cultural con categoría de monumento.